La noción de "incompetencia de origen" nació para significar los problemas que entrañaban la ilegitimidad de las autoridades locales por infracciones a las normas reguladoras de su designación o elección. Dicha incompetencia se distinguía de las irregularidades examinadas en el contexto de control de legalidad de los actos de autoridad, porque su conocimiento por los tribunales federales se traduciría en una intervención injustificada en la soberanía de las entidades federativas, y redundaría en el empleo del juicio de amparo como instrumento para influir en materia política. Sin embargo, la referida noción, limitada al desconocimiento de autoridades locales de índole política o judicial, se hizo extensiva a todos los casos en que por cualquier razón se discutiera la designación de un funcionario federal o local perteneciente, inclusive, al Poder Ejecutivo, o la regularidad de su ingreso a cualquier sector de la función pública, introduciéndose una distinción esencial entre la incompetencia de origen y la incompetencia derivada del artículo 16 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, de lo que derivó que frente a los funcionarios de jure, se creó una teoría de los funcionarios de facto, es decir, aquellos cuya permanencia en la función pública es irregular, ya sea por inexistencia total o existencia viciada del acto formal de designación, o por ineficacia sobrevenida del título legitimante, frecuentemente debida a razones de temporalidad e inhabilitación. Ahora bien, el examen de la legitimidad de un funcionario y de la competencia de un órgano supone una distinción esencial, pues mientras la primera explica la integración de un órgano y la situación de una persona física frente a las normas que regulan las condiciones personales y los requisitos formales necesarios para encarnarlo y darle vida de relación orgánica; la segunda determina los límites en los cuales un órgano puede actuar frente a terceros. En ese sentido, el indicado artículo 16 no se refiere a la legitimidad de un funcionario ni a la manera como se incorpora a la función pública, sino a los límites fijados para la actuación del órgano frente a los particulares, ya que son justamente los bienes de éstos el objeto de tutela del precepto, en tanto consagra una garantía individual, y no un control interno de la organización administrativa. Por tanto, los tribunales de amparo ni los ordinarios de jurisdicción contenciosa administrativa federal pueden conocer, con motivo de argumentos sobre incompetencia por violación al artículo 16 constitucional, de la legitimidad de funcionarios públicos, cualquiera que sea la causa de irregularidad alegada, sin perjuicio de la posible responsabilidad administrativa o penal exigible a la persona sin investidura o dotada de una irregular.

Amparo en revisión 699/2000. Heriberto Barenca Martínez y otros. 4 de abril de 2005. Unanimidad diez votos. Ausente: Genaro David Góngora Pimentel. Ponente: José Ramón Cossío Díaz. Secretaria: Carmen Vergara López.

El Tribunal Pleno, el veinticinco de octubre en curso, aprobó, con el número XLVIII/2005, la tesis aislada que antecede. México, Distrito Federal, a veinticinco de octubre de dos mil cinco.

Nota: Por ejecutoria del 20 de agosto de 2020, el Pleno de la Suprema Corte de Justicia de la Nación declaró inexistente la contradicción de tesis 542/2019 derivada de la denuncia de la que fue objeto el criterio contenido en esta tesis, al considerar que la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación atendió el tema de legalidad consistente en la debida integración, en la que constituida por tres Magistrados, resulte apta para dictar sentencia.